אולימפיאדת 1906, שהתקיימה באתונה, התבררה כבלתי רגילה מכיוון שמארגניה לא עמדו בדרישה להפסקה המסורתית של ארבע שנים בין המשחקים. מסיבה זו, האולימפיאדה אפילו לא הוכרה רשמית על ידי הוועד האולימפי הבינלאומי.
משחקי 1906 נערכו לציון יום השנה העשירי לאולימפיאדה הראשונה, שהתקיימה גם באתונה. כדי להדגיש עוד יותר את הקשר בין שני האירועים, מארגני האולימפיאדה בחרו באותה תוכנית תחרות כמו בשנת 1896. לרוב התחרויות נערכו באצטדיון השיש.
בתחילה, כאשר התקבלה הצעה מיוון לקיים את האולימפיאדה בשנת 1906, ה- IOC לא נתן סירוב מוחלט. העובדה היא שעד אז היוקרה של המשחקים האולימפיים נפלה, והציבור כבר לא גילה את העניין לשעבר בהם. כדי למנוע את הקריסה הסופית של התנועה האולימפית, היה צורך לנקוט בצעדים, וכבר לא הייתה הזדמנות לחכות עד 1908. ולמרות שמאוחר יותר ה- IOC מסרב להכיר באולימפיאדת 1906, זה ייקרא הצלת המשחקים, שאפשרה לציבור ובעיקר לספורטאים לחזור לאירוע, כדי לתמוך בתנועה ובעצם הרעיון שלה.
הקושי היה גם בכך שעל פי המסורת האולימפיאדה הייתה אמורה להתקיים במדינות שונות בעולם, אך בשנת 1906 תוכנן האירוע ביוון, מה שגרם לחוסר שביעות רצון בקרב חברי ה- IOC. כך או אחרת, אך ב- 22 באפריל נערכה הפתיחה החגיגית של המשחקים. כשהתקשורת התמקדה באולימפיאדת 1906, הרבה אתלטים ואורחים הגיעו לאתונה.
באירוע השתתפו כ -900 ספורטאים מ -20 מדינות, יתר על כן, ביניהן היו שבע נשים. במסגרת אולימפיאדת 1906 נערכו תחרויות בענפי הספורט הבאים: הרמת משקולות, היאבקות יוונית-רומית, סייף, חתירה, שייט, שחייה, צלילה, אתלטיקה, ירי מלכודות וכדורים, אופניים וטניס. למרבה הצער, מכיוון ש- IOC לא הכיר באולימפיאדת 1906, כל הפרסים שקיבלו משתתפיו לא היו תקפים ולא נלקחו בחשבון בעתיד.
טקס הסיום של האולימפיאדה התקיים ב -2 במאי. לאחר סיום האירוע נדונו תוצאותיו במשך תקופה ארוכה במדינות שונות, מה שהגדיל משמעותית את העניין הציבורי במשחקים. הדבר בולט במיוחד במהלך אולימפיאדת לונדון בשנת 1908, בה לקחו חלק יותר מ -2,000 ספורטאים.